第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）。组织实施重点税源企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。组织实施本系统重点税源企业的风险分析、风险应对等工作。

第二税务分局。组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；协助车辆税收一体化管理工作；管理领取的车辆购置税票证。

第三税务分局（税收风险管理局）。组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局。组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件。

第一稽查局。负责北海市海城区、北海市银海区、北海市铁山港区、北海工业园区、合浦县区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作；承担上级统筹安排案源的检查和执行等稽查工作。