办公室（党委办公室）。承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作；组织实施绩效管理工作；承担年度绩效考评工作；承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作。

法制股。承担依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作；负责本系统内部控制机制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法督察。

税政股。组织实施各税种的征收管理工作；承担各税种具体业务问题的解释和处理；承担增值税发票管理工作。

社会保险费和非税收入股。组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

收入核算股。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作。开展税收经济分析和税收政策效应分析；承担税收、社会保险费和有关非税收入票证和各类发票的管理工作。

纳税服务股。组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。

征收管理股。组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；组织实施信息化建设工作。

税收风险管理股。组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

税源管理股。承担对所辖税源的监控管理工作，承担所辖纳税人日常管理工作；组织实施各税种纳税评估工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。

财务管理股。组织实施本系统预决算、基建理、会计核算、财务内控和政府采购、资产管理等工作。

组织人事股。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担本单位教育培训工作；承担数字人事管理工作；指导党的组织建设、党员队伍建设等工作。

机关党委（党建工作股）。统筹和指导党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；组织和指导巡察工作。

根据有关规定，设置党委纪检组。负责党的纪律检查工作。